Colección de colonias y muestras de coral

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Extracciones de ADN y ARN

In the Reef Futures Lab we use a DNA extraction protocol developed to optimize extraction of the Symbiodiniaceae algae. However, this protocol is time consuming.
FisiologÃa coralina

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Fluorescencia de clorofila:
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Extracción de tejido coralino
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Clorofila-a
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Estimación de la densidad área de Symbiodiniaceae (microscopía)
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Tasas de calcificación utilizando la técnica de peso flotante
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Estimación total de lípidos
Análisis de datos
Actualmente utilizo R y paquetes de R para la mayoría de mis análisis de datos, sin embargo, durante mi pregrado utilicé programas privativos para el análisis estadístico. Aprender a usar estos programas no fue tan difícil, pero replicar los análisis se volvió complejo después de cambiar de computadora o perder el acceso a las licencias de software (que eran bastante caras para un estudiante); además, usar programas propietarios se hizo muy complicado al cambiar mi sistema operativo a una distribución GNU/Linux que estaba más de acuerdo con mi filosofía.
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Finalmente decidí dejar mis temores a un lado y comencé a usar R en mi primer año de doctorado. Sí, me tomó más tiempo aprender a usarlo, pero ya no lo cambio por nada. R tiene miles de paquetes ... ¡las opciones son casi ilimitadas!
R facilita la tarea de hacer ciencia reproducible y abierta. Es gratis, se ejecuta en LINUX, Windows y MacOS, y si eres bueno manteniendo scripts bien documentados y organizados, cualquiera podría reproducir y validar tus análisis. Personalmente me gusta el combo R (para estadísticas y gráficos), Markdown (para documentación del código ), git (para control de versiones) y GitHub (para alojamiento/intercambio/colaboración).
Aprender a usar R y sus paquetes fue más fácil cuando realicé mis propios análisis. Sugiero familiarizarse con los conceptos básicos y luego comenzar su propio trabajo, incluso si parece complicado.
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Aquí hay algunos enlaces y materiales útiles para comenzar:



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R:
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Manuales para R en varios idiomas
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R studio ofrece una interfaz gráfica de usuario
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El libro "R packages" es útil desarrollar buenas prácticas de programación R. También tiene un capítulo sobre el uso integrado de RStudio, Git y GitHub.
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Git y GitHub:
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El libro "Pro Git" de Scott Chacon y Ben Straub explica paso a paso el uso de git. ¡Muy recomendable!
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Markdown:
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Integración de herramientas:
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R y git: uso de Git con RStudio
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Markdown y GitHub ( Escribiendo en GitHub )
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Este es un ejemplo de análisis de datos en el que integré estas herramientas para hacer que el proyecto fuera abierto y reproducible:
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Análisis de datos para el artículo Resistencia de los arrecifes de coral al estrés térmico en el Pacífico Tropical Oriental +(doi: 10.1111 / gcb.15126)
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Repositorio de GitHub con scripts de R, datos y archivo ReadMe
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Resultados visuales del repositorio, generados con Markdown y Knit
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Archivo permanente del repositorio en Zenodo que se corresponde con la última versión de los datos publicados
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Protocolos
Protocolos.io : una plataforma segura para desarrollar y compartir métodos reproducibles
Acceso a artículos
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